La storia della fitoterapia ha origini antichissime tant'è che si trovano riferimenti all'uso terapeutico delle piante anche negli antichi geroglifici egiziani e nei testi di cultura orientale senza contare i riferimenti presenti nei testi biblici. Con ogni probabilità la fitoterapia può quindi essere considerata la prima forma di medicina utilizzata dagli uomini.
È anche innegabile l'importanza della fitoterapia nell'era degli antichi Greci e dei Romani. Nel periodo medievale la fitoterapia diventa una disciplina praticata soprattutto dai monaci e dalle suore; la Regola di Benedetto da Norcia prevedeva fra le altre cose la dedizione alla coltivazione delle erbe curative, un'attività la cui importanza era seconda solo alla preghiera. Un doveroso cenno anche a santa Ildegarda di Bingen, una monaca tedesca alla quale sono intitolate moltissime erboristerie.
La storia della fitoterapia moderna inizia però nel XIX secolo quando si iniziano a studiare in modo scientifico i principi attivi contenuti nelle erbe e nelle piante.
L’importanza della fitoterapia, si vede dal fatto che alcuni successi sono innegabili e hanno portato alla produzione sintetica di alcuni principi attivi. L'esempio più eclatante è quello della celeberrima aspirina (acido acetilsalicilico), il farmaco probabilmente più noto al mondo; il principio attivo dell'aspirina è presente nella corteccia del salice bianco (Salix alba), ma anche nei fiori di olmaria (Spiraea ulmaria). La fitoterapia è stata interpretata, nel corso della storia, come la terapia delle piante medicinali, sfruttate ad uso farmacologico.
Già nel Medioevo le piante venivano utilizzate nel trattamento di molti disturbi e per alleggerire le sofferenze dei malati.
Un tempo non esistevano le attuali molecole di sintesi (peraltro in gran parte derivate da molecole naturali): per curarsi ci si avvaleva di piante e si sfruttavano i doni che la natura offriva all'uomo, come erbe medicinali coltivate e spontanee. Pur non essendo a conoscenza delle ragioni scientifiche d'efficacia, anche i nostri antenati praticavano la fitoterapia, seppur in modo semplicistico rispetto all'attuale. I rimedi naturali venivano tramandati da generazione a generazione, rappresentando un patrimonio di esperienza allo scopo di mantenere il corpo in salute. L'utilizzo delle erbe per contrastare l'insorgenza della malattia risale a tempi antichissimi, quando ancora il rapporto tra uomo e natura era di tipo sacro, profondo. L'uso delle piante si ritrova in tutti i sistemi terapeutici umani, da quelli più antichi e basati su osservazione ed empiria, a quelli più sofisticati e con livelli di complessità teorica elevata, fino alla moderna biomedicina. Ippocrate, considerato padre della medicina occidentale, citava il rimedio naturale come terzo strumento del medico, accanto al tocco e alla parola. Oggi la scienza conferma la presenza nelle erbe di principi attivi che costituiscono gli ingredienti primari (fitocomplessi) utilizzati dalla chimica moderna per lo sviluppo di prodotti efficaci per la cura e la salute del corpo. La fitoterapia (dal greco phyton, "pianta", e terapeia, "cura"), studia l'impiego terapeutico delle piante officinali e delle preparazioni da esse ottenute. Il fitoterapeuta si occupa della preparazione di farmaci di origine naturale, le così dette preparazioni galeniche magistrali o officinali. Il fitoterapeuta indica qualità e quantità di ogni componente secondo le specifiche necessità del paziente, e, illustra al cliente le condizioni di impiego, gli eventuali effetti indesiderati e le interazioni con altri prodotti farmacologici dei preparati fitoterapeutici creati da lui o da altri.